В соборе пребываю мощи прп. Иосафа Спасокубенского. 
Мощи святого праведного Николая Вологодского (Рынина), почивают под спудом в часовне рядом с собором 
Список иконы Божией Матери «Скоропослушница» 
Список иконы Спасителя «Обыденная» из Спасо-Всеградского собора 
Икона святой благоверной княгини Анны Кашинской с частицей мощей 
Особо чтимые праздники 
21 сентября — Рождество Пресвятой Богородицы. В этот день после Литургии совершается праздничный молебен и Крестный ход вокруг храма. 

31 октября — Всемилостивого Спаса. Этот праздник установлен в память об избавлении Вологды от моровой язвы в 1652 году. Накануне совершается Всенощное бдение с акафистом Спасителю. После Литургии совершается молебен особым чином (в конце молебна поминаются почившие во время эпидемии). 

27 мая — празднование в честь иконы Божией матери «Скоропослушница» — в память о принесении этого особо чтимого образа в Вологду. Накануне совершается Всенощное бдение с акафистом Богоматери. После Литургии совершается праздничный молебен и Крестный ход вокруг храма с праздничной иконой.